14 Ocak 1965 Çeçenistan’ın Vedeno köyünde dünyaya gelmiştir. İsmini, kendisinden çok önce Kuzey Kafkasya’da yıllar boyu bağımsızlık mücadelesi için savaşmış Şeyh Şamil’den almıştır.
Ailesi 6 Kasım 1917’deki Rus İhtilali’nden sonra Çeçenistan’dan Kazakistan’a sürülmüş ancak 1957’de Nikita Kruçev’in Sovyetler Birliği başkanlığı döneminde çıkan afla yurtlarına geri dönebilmiştir. Beş kardeşin ikincisidir. Kardeşlerinin isimleri sırasıyla, Halima, Zinaida, Shirvani ve İslam’dır.
İlköğretim ve lise eğitimini Vedeno’da tamamlamış, üniversite eğitimine Moskova’da State University of Land Use Planning‘de (Eyalet Üniversitesi - Arazi Kullanım Planlaması) mühendislik alanında devam etmiş ve 1987 yılında mezun olmuştur.Bir süre İstanbul'da da eğitim gören Şamil Basayev, daha sonra ticaretle uğraşmış ve futbolla ilgilenmiştir.
