Birinci 'Ergenekon' davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, 3 -17 mayıs 2006 tarihleri arasında Danıştay binasının güvenliğiyle ilgili kameraların, arızaları nedeniyle alınan cihazların arızalı olsa bile mahkemeye gönderilmesine karar verdi. Buna göre heyet Ankara Emniyet Müdürlüğü'ne yazı yazılarak 3-17 Mayıs 2006 tarihleri arasında Danıştay binasının güvenliğiyle ilgili kameraların, arızaları nedeniyle alınan cihazların arızalı olsa bile Oyak Savunma ve Güvenlik A.Ş'den temin edilerek mahkemeye gönderilmesini istedi.
Danıştay binasının çevresindeki kurum ve kuruluşlardan temin edilip kamera görüntülerinin incelenmesi için mahkeme hakimi Hüsnü Çalmuk'un naip hakim olarak tayinini uygun gören heyet, sanık Alparslan Arslan'a ait 34 BE 026 plakalı aracın 4-16 Mayıs 2006 arasındaki köprü ve otoban geçiş zamanının bildirilmesi için Karayolları Genel Müdürlüğü'ne yazı yazılmasını kararlaştırdı. Mahkeme heyeti, ilgili kuvvet komutanlıklarına da müzekkere yazılarak dosya kapsamında el konulan el bombaları ve mühimmatın tesliminden itibaren, birlik ve şahıs olarak tarihlerini belirtir şekilde zimmet silsilesinin, sarf edilmişse sarf raporunun ayrıntılı olarak bildirilmesini hükme bağladı.
Mahkeme Heyeti, Ankara Ulus semtinde faaliyet gösteren Selvi Otel yetkilisine müzekere yazılarak, otelin 15, 16 ve 17 Mayıs 2006 tarihlerine ait defter ve bilgisayar kayıtlarının celp edilmesini hükmetti. Mahkeme Heyeti ayrıca, tek nüsha olarak eski Başbakan Mesut Yılmaz'da bulunan 1997 tarihli Susurluk Raporu ile, Tuncay Güney'e ait tüm soruşturma evrakının incelenmesine karar verdi. Bu inceleme sonucu güneyle ilgili yapılacak işlem belirlenecek
13. Ağır Ceza Mahkemesi Danıştay saldırısıyla ilgili önemli kararlar aldı.