Anayasa'dan darbenin izlerini silen 12 Eylül referandumunda 'evet' diyenler, demokrasi, özgürlük ve insan haklarının Türkiye'de tesis edilmesi adına oylarının karşılığını kısa zamanda almaya başladı. Son olarak 'iyi çocuk' olarak tanınan sanıkları Askeri Mahkeme tarafından tahliye edilen Şemdinli davasının yeniden sivil mahkemeye gönderilmesi, referandum sonrası Anayasa'da yapılan değişikliklerin kâğıt üzerinde kalmadığını gösterdi.
'Evet' oylarının 12 Eylül referandum sandığından zaferle çıkmasının hemen ardından demokrasi ve insan hakları açısından karanlıkta kalan birçok dosyanın kapağı yeniden açılmaya başladı. Son olarak Şemdinli Umut Kitap Evi'nin 9 Kasım 2005 tarihinde bombalanması olayıyla ilgili davada dikkat çeken bir gelişme yaşandı. Bir kişinin ölümüyle sonuçlanan ve ülkenin gergin günler geçirmesine sebep olan olaylara ilişkin davanın, yeniden özel yetkili Van 3. Ağır Ceza'ya gönderilmesine karar verildi.
Şemdinli davasını sivil mahkemeye gönderen karar Yargıtay 9. Ceza Dairesi ve askerî mahkeme arasında oluşan görev uyuşmazlığını değerlendiren Uyuşmazlık Mahkemesi, tarafından alındı. Referandumla Anayasa'nın 145. maddesinde düzenlemeye gidilmiş, askerî mahkemelerin görevi sadece askerî suçlarla sınırlandırılmıştı. Uyuşmazlık Mahkemesi de içtihatlarını bu çerçevede değiştirdi. Sivil mahkeme tarafından 39 yıl hapis cezası almalarına rağmen askeri mahkeme tarafından tahliye edilen 'iyi çocuklar' Astsubay Ali Kaya, Özcan İldeniz ve PKK itirafçısı Veysel Ateş'in 'suç örgütü üyesi olmak' suçlamasıyla özel yetkili mahkemelerde yargılanması hükme bağlandı. Dosyanın bir ay içinde mahkemeye gönderilmesi bekleniyor.
Anayasa'dan darbenin izlerini silen referandumun üzerinden 1 yıl dahi geçmeden 12 Eylül cuntasına da mahkeme yolu göründü. Özel Yetkili Ankara Savcısı Hüseyin Görüşen, Kenan Evren ve arkadaşları hakkında yürüttüğü 12 Eylül darbe soruşturmasını geçtiğimiz Salı günü Ulusal Yargı Ağı Bilişim Sistemi'ne (UYAP) yükledi. Soruşturma kapsamında Evren'in ifadesi alınacak. Ayrıca 12 Eylül darbesi nedeniyle işkence gören veya yakınlarını kaybedenlere de devletten tazminat talep etme imkanı tanındı.
Anayasa değişikliğine verilen evet oylarının ilk meyveleri yüksek yargıda toplandı. 12 Eylül'e soruşturma açan Savcı Sacit Kayasu ile Şemdinli Savcısı Ferhat Sarıkaya'yı meslekten ihraç etmek gibi birçok tartışmalı karara imza atan Hakimler Savcılar Yüksek Kurulu ile demokratik düzenlemeleri iptal eden Anayasa Mahkemesi ve Yargıtay gibi yüksek yargı organlarının yapısı değiştirildi. Hakim ve savcılar Cumhuriyet tarihinde ilk kez sandığa giderek, kendi kurullarının üyelerini belirledi. İş yükü nedeniyle adalet sistemini tıkayan Yargıtay'ın daire sayıları artırıldı.
Evet oylarıyla verdiği kararlara itiraz yolu açılan yeni HSYK, başta Kenan Evren olmak üzere 12 Eylül askeri darbesini yapanların yargılanması için verdiği hukuk mücadelesiyle simge haline gelen Savcı Sacit Kayasu, Şemdinli Savcısı Ferhat Sarıkaya gibi meslekten ihraç edilen onlarca savcıya itibarlarını iade etti. Şemdinli patlamasıyla ilgili hazırladığı iddianamede çeteye işaret ettiği için meslekten atılan Savcı Sarıkaya, Ankara Cumhuriyet Savcılığı Genel Soruşturma Bürosu'nda göreve başladı.
12 Eylül askeri darbesinin işkencehaneye çevirdiği Diyarbakır Cezaevi de yeniden mercek altına alındı. 12 Eylül referandumunun ardından insanlık suçunun işlendiği cezaevi hakkında yaklaşık 800 dilekçenin Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcısı Durdu Kavak'a iletildi. Dönemin mağdurlarının başvurusu sonrasında Diyarbakır Cezaevi'nde akıllara durgunluk veren işkencelere imza atan görevliler hakkında soruşturma başlatıldı.
Referandumla getirilen yeni düzenlemeler, 'irtica' adı altında TSK'dan atılan binlerce subay ve astsubaya umut kapısı oldu. Yüksek Aske Şura kararlarına itiraz yolunu açan düzenlemeden faydalanmak isteyen YAŞ mağdurları, Milli Savunma Bakanlığı'na müracaat ederek Cumhuriyet tarihinde ilk kez demokratik haklarını kullandılar.