İstanbul'daki ilk Türk şehitliği üzerine kurulan Şehitlik Dergâhı'ndaki Nafi Baba Tekke binasının Boğaziçi Üniversitesi tarafından 'Bizans Araştırmaları Merkezi'olarak kullanılacağı haberleri büyük tepki çekti. Tekkenin zikir odasının da kokteyl salonu olarak düzenlendiği yönündeki iddialar ise kamuoyunda rahatsızlığa neden oldu.
Kalkınma Bakanlığı'nın bütçesiyle Aralık 2015 tarihinde tamamlanan “Nafi Baba Tekke Koruma Projesi”nin, kısa süre önce Bizans Araştırmaları Merkezi'ne dönüştürüldüğünü tarihçi İbrahim Ethem Gören dile getirdi. Gören yayımladığı yazıda tekkenin “Bizans Araştırma Merkezi”ne dönüştürüleceğini iddia ederek, “Boğaziçi Üniversitesi'nin pek çok kampüsü var. Güney Kampüsü, Kuzey Kampüsü, Kandilli Kampüsü, Kilyos Kampüsü var. Pek çok yerde Bizans Araştırma Merkezi kurulabilecekken, özellikle Nafi Baba'da kurulması bizce manidar bir hadisedir. Bu karardan Boğaziçi Üniversitesi'nin vazgeçmesini bekliyoruz” dedi.
Tepkilerin artması üzerine açıklama yapan üniversite yönetimi, “Dergah, Boğaziçi Üniversitesi Nafi Baba Tarih, Kültürel Miras ve Arşiv Merkezi” olarak faaliyet gösterecektir" dedi.
Gören, ikinci bir husus olarak şunları belirtti: Geçtiğimiz günlerde bir ziyaretimizde Şüheda kuyusunun üzerinde başıboş köpeklerin ve berduşların olduğunu gördük. Bu bizi çok üzdü. Bu köpek barınağının da bir an önce Boğaziçi Üniversitesi'nden kaldırılmasını istiyoruz” dedi.
