Piri Reis'in neden idam edildiği konusu tarihçilerin ihtilafa düştükleri konulardan biridir. Piri Reis'ten, Süveyş'ten donanma ile Basra'ya gidip, buradaki 15.000 askeri ve diğer gemileri de yanına alarak, Hürmüz adasını ele geçirmesi istenmiştir. Piri Reis'in bu operasyon sırasındaki davranışları da onu idama götüren sebeptir.
Bazı tarihçiler Piri Reis'in Portekizlilerden rüşvet aldığını, bazıları hain olduğunu, bazıları ise masum olduğunu iddia ediyor. Piri Reis'in neden idam edildiğini Tarihçi-Yazar Talha Uğurluel bugün Eyüp Sultan Camii Mezarlığı'nda Piri Reis'i idam ettiren Dukakinzade Mehmet Paşa'nın medfun olduğu kabrin başında Periscope canlı yayınında anlattı.