Avrupa Ligi'nde eşleşmeler, İsviçre'nin Nyon kentindeki UEFA Genel Merkezi'nde gerçekleştirilen kura çekimiyle belirlendi.
Avrupa Ligi grubunu lider bitiren 12 ekip ile Şampiyonlar Ligi grubunu üçüncü sırada tamamlayan en iyi 4 takımın seribaşı olduğu son 32 tur eşleşmeleri şu şekilde oluştu;
- Wolfsberger-Tottenham
- Dinamo Kiev-Club Brugge
- Real Sociedad-Manchester United
- Benfica-Arsenal
- Kızılyıldız-Milan
- Royal Antwerp-Rangers
- Slavia Prag-Leicester City
- Salzburg-Villarreal
- Braga-Roma
- Krasnodar-Dinamo Zagreb
- Young Boys-Bayer Leverkusen
- Molde-Hoffenheim
- Granada-Napoli
- Maccabi Tel Aviv-Shakhtar Donetsk
- Lille-Ajax
- Olimpiakos-PSV
Son 32 turu ilk maçları 18 Şubat 2021, rövanşları ise 25 Şubat 2021 tarihlerinde yapılacak. Seribaşı takımlar, rövanş karşılaşmalarını evinde oynayacak.